[서울=뉴스핌] 김신영 기자 = 영농조합법인이 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았더라도 조세특례제한법이 규정한 법인세 면제 요건을 충족한다면 관할 세무서가 면제를 거부할 수 없다는 대법원 판단이 나왔다.

대법원 제2부(주심 민유숙 대법관)는 A영농조합법인이 이천세무서장을 상대로 제기한 법인세 부과 처분 취소소송 상고심에서 원고 패소 판결한 원심을 파기환송했다고 17일 밝혔다.

A법인은 2015~2016년 사업연도 각 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법 제66조에 따라 식량작물 재배업 소득 등에 대한 법인세 면제를 신청했다.

하지만 이천세무서장은 A법인이 조세특례제한법 시행령 제63조 7항이 규정한 '농업경영체 등록확인서'를 제출하지 않았다는 이유로 법인세를 면제하지 않았고 2018년 3월 20일 A법인에 2015~2016년 사업연도 각 법인세를 경정·고지 처분했다.

A법인은 이에 불복해 2018년 6월 25일 조세심판원에 법인세 처분 취소를 구하는 심판청구를 제기했으나 기각되자 이 사건 소송을 제기했다.

1·2심은 이천세무서장의 손을 들어줬다. 재판부는 "조세특례제한법 시행령 제63조 7항은 법인세 면제를 받기 위해 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있다"며 "원고가 2017년 11월경에야 농어업경영체로 등록했음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 2015~2016년 법인세에 대해 감면 요건을 갖추지 못한 것"이라고 지적했다.

반면 대법원은 A법인이 농어업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 법인세 면제를 거부할 수 없다며 사건을 원심 법원으로 돌려보냈다.

대법원은 "조세특례제한법은 납세의무자로 하여금 법인세 면제 신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것"이라며 "영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 과세관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수 없다"고 판단했다.

그러면서 "구 조세특례제한법 제66조 1항은 법인세 면제 대상을 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로 규정할 뿐이고 농업경영정보를 등록할 것을 면제 요건으로 규정하지 않앗다"며 "원고는 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로 이 사건 규정이 개정되기 전까지 조세특례제한법 제66조 1항에 따라 법인세를 면제받아 왔다"고 판시했다.

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