[서울=뉴스핌] 김현구 기자 = 대구지방국세청이 국가전략기술 투자 세액 공제와 상속세 조사를 하는 과정에서 법령 검토와 세법 해석을 제대로 하지 않아 대규모 세금을 잘못 부과하거나 징수하지 못한 사실이 감사원 감사 결과 확인됐다.

감사원은 9일 대구국세청 정기감사 결과를 공개했다. 대구국세청은 2010년 이후 정기감사를 받지 않았다. 이번 감사는 관내 인구 감소와 경기 침체로 세수 규모는 국세청 내 최하위 수준인 반면 불복환급액이 급증하고 2024년 뇌물수수 사건까지 발생한 점을 고려해 실시됐다.

대구국세청의 불복환급액은 2022년 192억원에서 2024년 982억 원으로 급증했다. 감사원은 세무조사와 세원 관리 분야를 고위험·취약 분야로 분류하고 세수 확충과 국세 행정의 공정성·효율성 제고 차원에서 감사를 진행했다고 밝혔다.

◆국가전략기술 투자세액공제 기준 혼선…지방청·법인별 제각각

우선 감사원은 2021년 7월 신설된 국가전략기술 사업화 시설에 대한 투자 세액공제 제도가 명확한 기준 없이 운영되고 있다고 지적했다.

해당 제도는 직전 3개년 평균보다 국가전략기술 사업화 시설에 더 많이 투자한 금에 대해선 기본공제 외 추가 공제를 해주는 제도다.

하지만 직전 3개년 평균 초과 투자액 산정 때 일반시설 투자와 국가전략기술 시설 투자를 통합해 산정해야 하는지 여부, 투자 기간이 3년 미만인 경우 직전 3개년 평균 투자액 환산평가 방식, 제도 도입 첫해인 2021년을 추가공제 대상으로 볼 수 있는지에 대한 기준이 마련돼 있지 않았다.

이로 인해 A업체는 일반투자와 국가전략투자를 구분해 산정한 반면 B·C업체는 이를 통합해 계산했다. 또 2022년 투자기간 환산 과정에서도 A업체는 2021년 7~12월 투자액을 6개월, C업체는 12개월, B업체는 36개월로 나누는 서로 다른 기준을 적용한 것으로 확인됐다.

감사원은 "제각각 다른 방식으로 국가전략투자 추가 세액 공제를신청하고 있는데도 7개 지방청은 이를 모두 정당한 것으로 인정하고 있었다"고 지적했다. 감사원은 "공정하고 형평성있는 과세가 이뤄지도록 세법 해석 기준을 마련하고 지도·감독해야 할 옛 기획재정부와 국세청은 이같은 실정을 알지 못한 채 방치한 것"이라고 판단했다.

이에 감사원은 재정경제부 장관과 국세청장에게 국가전략기술 사업화 시설에 대한 통합 투자세액 공제 추가 공제금액 산출기준을 명확히 하고, 그 기준에 따라 부당하게 적용· 신청된 세액 공제액을 추징·환급하는 방안을 마련하도록 통보했다.

◆배우자공제 잘못 적용…상속세 7억 부족 징수

상속세 조사 과정에서는 법령과 신고 내용을 제대로 확인하지 않아 세금을 부족 징수한 사례가 확인됐다.

상속세와 증여 세법 제19조에 따르면 배우자 공제를 위한 법정 상속분 계산 때 상속 포기자를 포함해야 한다.

이에 상속인은 규정대로 상속 포기자 4명을 포함해 배우자 법정 상속분을 6.5분의 1.5라고 정상 신고했다. 하지만 모 대구국세청 조사 담당자는 이를 확인하지 않고 배우자 법정 상속분을 상속 포기자를 제외한 2.5분의 1.5로 부당하게 적용했다.

이로 인해 배우자 공제액은 14억원이 과다하게 반영됐고 상속세 약 7억원이 부족 징수되는 결과를 초래했다.

감사원은 대구국세청장에게 배우자 법정 상속분을 잘못 적용해 부족 징수된 상속세 7억여원을 추징하는 방안을 마련하도록 통보하고 관련자 1명에 대해 징계, 다른 1명에 대해 주의를 요구했다.

◆특정 주식 양도소득세 검토 소홀…부산청도 308억 부족 징수

부산국세청에서는 특정주식 양도소득세 신고를 제대로 검토하지 않아 대규모 세금이 부족 징수된 사실이 확인됐다. 부산국세청은 2023년 D업체 지분매각 거래에 대해 증여세 과세를 검토했지만 혐의 입증이 곤란해 보류했고, 양도소득세는 검토하지 않아 이번 감사에서 점검했다.

부산국세청은 2022년 8월 D업체의 과점주주인 E씨 등 4명(형제간)이 D업체 지분 70%를 매각하고 양도 소득세를 신고하자 관련 신고 내용을 처리했다.

D업체가 소유한 산업 폐기물 매립시설은 토지와 분리 복구가 불가능한 토목 구조물로 대법원 판례와 국세청 질의 회신에 따르면 D업체의 부동산 보유비율은 68%가 된다.

부동산 보유 비율 50%를 넘는 법인의 과점 주주가 주식 50% 이상을 매각하면 일반적 비상장주식 양도 때 적용하는 10~30% 단일 세율을 적용하지 않고, 6~45% 종합소득세 누진세율을 적용하게 돼 있다.

하지만 부산국세청은 폐기물매립시설이 시설 장치로 계상돼 있다는 사유로 이를 부동산으로 재분류하지 않고, 부동산과다법인이 아닌 경우 적용되는 25% 단일세율로 납부한 양도세 신고 내용을 그대로 인정했다.

이로 인해 종합소득세율과 단일세율 차이에 따른 양도소득세 308억원이 부족 징수되는 결과를 초래했다.

이에 감사원은 부산국세청장에게 부동산 과다보유법인 해당 여부를 잘못 검토해 부족 징수된 양도소득세 308억여원을 추징하는 방안을 마련하도록 통보하고 관련자 2명에게 주의를 요구했다.

hyun9@newspim.com