[서울=뉴스핌] 이성화 기자 = 벤처기업 인증이 취소된 암호화폐(가상화폐)거래소 업비트 운영사 두나무는 조세특례제한법에 따른 법인세 감면혜택 대상이 아니라는 법원 판단이 나왔다.

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(김정중 부장판사)는 두나무가 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세 경정거부처분 취소소송에서 원고 패소 판결했다.

두나무는 벤처기업육성에 관한 특별조치법(벤처기업법)에 따라 2017년 9월부터 2019년 9월까지 벤처기업에 해당한다는 확인을 받았다.

그런데 중소벤처기업부(중기부)는 유효기간 만료를 9개월 앞둔 2018년 12월 개정된 벤처기업법 시행령에 따라 두나무가 벤처기업 요건을 갖추지 못하게 됐다며 벤처기업 확인을 취소했다. 당시 시행령이 개정되면서 블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업이 벤처기업에 포함되지 않는 업종에 추가됐다.

이에 두나무는 벤처기업 확인 취소처분을 취소해달라는 소송을 제기했으나 최종 패소했다.

두나무는 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 누락됐다며 법인세 248억4850여만원의 환급을 구하는 경정 청구를 했으나 세무당국은 두나무가 조세특례제한법에 따른 세액감면 요건인 벤처기업에 해당하지 않는다며 거부했다.

이후 두나무는 조세심판원 심판 청구도 기각되자 소송을 제기했다. 애초 벤처기업 확인의 유효기간인 최소 2년간 법인세를 감면받을 것이라 신뢰했는데 이를 침해해 위법하다는 것이다.

그러나 법원도 벤처기업에 해당하지 않는 두나무에 대해 법인세 감면을 하지 않은 것은 정당하다고 판단했다.

재판부는 "조세특례제한법의 각 규정을 종합해 볼 때 벤처기업확인기관의 장이 벤처기업의 요건을 갖추지 않게 됐다는 이유로 기존에 이뤄진 벤처기업 확인을 취소하는 경우 과세관청은 이에 기속돼 벤처기업 확인 취소일이 속하는 과세연도부터 창업벤처중소기업에 대한 소득세 또는 법인세의 감면을 적용할 수 없다고 봐야 한다"며 "벤처기업 확인 취소에도 불구하고 여전히 조세감면혜택을 적용할 여지는 없다"고 설명했다.

또 "법인세 감면은 벤처기업 지위가 존재함을 전제로 한 혜택에 불과하고 중기부가 한 벤처기업 확인 그 자체로 중기부 권한에 속하지 않는 법인세 부과·감면 여부에 대한 신뢰 부여가 이뤄졌다고 볼 수도 없다"고 판시했다.

shl22@newspim.com